农工党的最高领导机关是全国代表大会和由它产生的中央委员会。
全国代表大会每5年举行1次,必要时可提前,无特殊情况不得延期。
中央委员会选举产生中央常务委员会,并设执行局处理中央日常工作。
中央委员会下设组织部﹑宣传部﹑咨询服务工作部和妇女工作委员会﹑医药卫生工作委员会﹑科技文教工作委员会等工作部门。在1987年6月设立中央咨监委员会,在中央委员会领导下起顾问﹑咨询和监督作用,任期和同届中央委员会相同。地方组织的领导机关是地方各级成员大会或代表大会及由它产生的委员会。基层组织是支部。到1990年底,农工党在全国29个省、自治区、直辖市建立了地方组织;有成员近 4.7万人;农工党党员当选为全国和地方各级人民代表大会代表的有1139人;担任全国和地方各级政治协商会议委员会委员的有4138人。

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